２００１年省上制定了《甘肅省衛生資源配置標準》，各市（州）相繼完成了區域衛生規劃編制工作。天水市被確定為全國衛生改革試點城市。在各級政府和有關部門的大力推動下，全省已建成社區衛生服務中心７３個，社區衛生服務站１８３個，社區衛生服務示范區建設、人員培訓等工作取得了長足進展。對全省醫療機構進行了營利性和非營利性分類登記，縣以上公立醫院普遍推行了病人選擇醫生工作。省級和部分市（州）分別制定了新的醫療服務價格收費標準，推行了醫療服務項目及價格公示和一日清單制。全省先后５次組織藥品招標采購工作，對８大類、８９０６個品種規格的藥品進行了集中招標采購，讓利患者累計２．６８億元。同時，各級醫療機構以開展“三講”教育、保持共產黨員先進性教育等活動為契機，落實醫療行風責任目標，加強醫德醫風教育，加大醫療衛生行業作風建設，糾正和查處了一批違法違規和損害群眾利益的行為，醫療服務質量和行風建設取得了明顯成效。
醫療技術取得重大進展，人才隊伍日益壯大，醫療衛生服務能力和水平有了明顯提高。
近年來，各級醫療機構高度重視學科建設和技術發展，一些先進的診療技術和設備在臨床及教學科研中得到應用，大大提高了臨床診療技術水平。目前，省、市級部分綜合醫院可以開展斷指（肢）再植，腎臟、肝臟、心臟等器官移植，心臟直視和顱腦外科等高難度手術，可以開展心臟介入治療、試管嬰兒等尖端醫療技術。在微創技術、骨關節置換、泌尿外科等領域達到了國內先進水平。為保護和發展中醫藥，２０００年省人大頒布了《甘肅省發展中醫條例》，２００４年省政府作出了《關于加快中醫事業改革與發展的決定》，使我省中醫事業步入了法制化軌道，中醫事業發展步伐明顯加快。中醫藥專科（專病）建設順利進行，民族醫藥和中西醫結合工作得到強化，中醫藥教育和科研工作不斷加強，中醫藥服務范圍不斷擴大，鄉鎮衛生院、社區衛生服務中心中醫藥服務管理逐步規范。
“十五”期間，各級衛生行政部門和醫療衛生機構積極推進人事制度改革，培養造就了一批優秀人才。“十五”末，全省衛生專業技術人員達到９．６萬人，有博士３６名、碩士２６０名。
建立了全省衛生人才庫，衛生人才專業結構和人才梯隊逐漸形成。我省衛生領域有多項科研成果在國際和國內推廣應用，獲得多項國家級和省級獎勵。
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