“十一五”發展進入快車道科技體制改革建立的新機制和制度，合理優化的學科設置，“十五”發展形成的較好基礎，為省農科院實現又好又快發展奠定了堅實的基礎，增加了發展后勁。“十一五”末，力爭把省農科院建設成為國內先進的、具有區域特色的省級農業科技創新中心，省內一流的農業科技成果孵化中心，全省農業科技高層次人才培養基地，力爭進入國家農業科技創新群體。在旱農研究、高寒陰濕地區農業研究、綠洲農業研究、特色農業研究和農作物育種方面達到國內領先或國際先進水平的目標將逐步實現。
發展是硬道理，創新是科研院所的靈魂。在科技創新方面，力爭課題總經費達到1億元以上，獲得70項科技成果獎勵，建立4個省級重點實驗室或工程技術中心，培育50個農作物新品種，中試一批新產品，應用一批新技術。
人才是創新的關鍵。在人才培養方面，打造省農科院“5115 ”人才高地。到“十一五”末，培養50名省級創新領軍人才，10個創新團隊，100名院級創新人才，50名在職專業技術人員具有博士學位。力爭到“十一五”末有3-5個具有創新能力的科技團隊進入省級科技創新團隊行列。
“十一五”期間，省農科院將努力建設一個農業科技創新大廈，實施兩個計劃、三大戰略，打造五個“十”科技工程。
實施兩個計劃，就是實施建設社會主義新農村農民增收科技行動計劃和“5115 ”人才高地培養計劃。
實施三大戰略，就是大力實施“項目帶動”戰略，增強科技創新能力；實施“人才強院”戰略，力爭人才隊伍建設取得新成績；實施“開放辦院”戰略，加強對外合作交流。
五個“十”科技工程，就是建設10個科技創新團隊，10個重點實驗室和工程技術中心，組裝集成和示范、推廣、轉化10項技術(成果)，開展10項重大研究項目，建設10個農村綜合試驗站。
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